Le traitement passe par la prévention des reflux (cf. Prévention des RGO) et la prescription de médicaments :

• antireflux pour rétablir la fonction des sphincters déficients
  

• antiacides pour diminuer le pH du suc gastrique en limitant sa production au niveau de l'estomac.

Il existe enfin une troisième gamme de médicaments actifs sur le reflux dénommée surnageants, c'est à dire flottant à la surface des aliments à la fin du repas.
Lors d'un reflux, ces surnageants remontent en premier dans l'œsophage et en se déposant à la surface de la muqueuse la protègent contre l'acidité sous-jacente.