Le choix de l'antibiotique est guidé également par sa capacité à lutter ou contourner les résistances actuelles des germes.

Comme ceux-ci deviennent de plus en plus résistants, notamment dans les grandes villes, il devient donc crucial d'adapter au mieux ces antibiotiques pour éviter leur recrudescence.

En pratique, on choisit souvent des dérivés des pénicillines, seules ou associé à une molécule luttant contre certaines résistances bactériennes.

La durée du traitement est de 10 jours. Il est déconseillé de raccourcir le traitement, surtout lorsque l'enfant va mieux, sous peine de voir une récidive précoce liée à un nettoyage incomplet de l'otite.